Prof. Dr. Cüneyt Erdoğan 1994 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'ni bitirdi. 2000 yılında Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde uzmanlık eğitimi aldı. 

2003-2004 yılları arasında  Girişimsel Nöroradyoloji Eğitimi  Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde Yrd. Doçentlik, 2004-2006 yılları arasında Uludağ Üniversitesi'nde Doçentlik, 2006 yılında Uludağ Üniversitesi'nde Profesörlük, 2012 yılında Uludağ ÜniversitesiTıp Fakültesi Dekan Yrd.  yaptı.

2015-2017 yılları arasında Uludağ Üniversitesi'nde çalıştı.  Prof. Dr. Cüneyt Erdoğan şuanda Medicana Bursa'da Girişimsel Radyoloji bölümünde hizmet veriyor.